Techniken

Die Arbeitsgruppe hat eine Next-Generation-Sequencing-Unit aufgebaut mit dem Schwerpunkt in der Analyse epigenetischer Profile. Experimentelle und bioinformatische Prozessierungs-Pipelines sind verfügbar für gesamtgenomische Analysen in Bereich der DNA Methylierung WGBS & und RRBS, der Histon-Modifikationen (ChIP-Seq) der Analyse offener Chromatin-Regionen ( ATAC-Seq, NoMe-Seq, DNaseI-Seq) und der Analyse von RNA-Expression (mRNA-, totalRNA-, smallRNA-, single cell RNA-Seq). Die AG verfügt über Illumina-Technologien (HiSeq2500 und MiSeq).

Zusätzlich werden genspezifische epigenetische Analysen durchgeführt vornehmlich mittel bisulfit-Tiefensqeunzierung auf der MiSeq Plattform. Bi-PROF, Hairpin-Bisulfite-Sequenzierung. Für die Verarbeitung komplexer Amplikonpools verfügt die AG über einen Pipettierroboter der Fa Hamilton.
Zudem verfügt die Arbeitsgruppe über ein C1 Single-Cell-AutoPrep/BiomarkHD-System (Fluidigm und BiomarkHD), mit dem Expressionsprofile und zielgerichtete SNP-Analysen auf Einzelzellebene durchgeführt werden können. Expertise besteht auch im Bereich Primer-Extension und HPLC-Trennung.